Die Römisch katholische Kirchgemeinde wurde am 28. April 1996 an der Gemeindeversammlung gegründet. Dies war ein historischer Schritt in der Geschichte von Illgau, da die politische Gemeinde und die kirchliche Gemeinde bisher als sogenannte Einheitsgemeinde organisiert war. Die Gemeindeversammlung genehmigte an diesem Tag die Statuten der neuen öffentlichrechtlichen Körperschaft.

Die ersten Behörden der Römisch katholischen Kirchgemeinde Illgau wurden an der Gemeindeversammlung vom 8. Dezember 1996 gewählt. Seit diesem Datum funktioniert die Kirchgemeinde Illgau selbständig. Finanziell wurde die Kirchgemeinde noch bis zum 31. Dezember 1998 von der politischen Gemeinde getragen. Seither besteht die Trennung der Güter und Vermögenswerte von Kirche und Staat in Illgau.

Seit der Trennung der politischen Gemeinde und der Kirchgemeinde hat die Kirchgemeinde Illgau eine Vertretung im Kantonalkirchenrat.